La estructura organizacional del Parque Científico Tecnológico de la UNICEN se sustenta sobre tres pilares básicos:

1. el Área de Dinámica Organizacional desde una perspectiva vertical y funcional como Área de Gobierno del Rectorado de la Universidad
   
2. el Programa Institucional de Apoyo a la Actividad Productiva (PIAAP) desde una perspectiva transversal y orientada a proyectos multidimensionales como eje estratégico priorizado por la Universidad
   
3. la Fundación Universidad-Empresa del Centro de la Provincia de Buenos Aires (FUNIVEMP) como herramienta de enlace entre el sistema científico-tecnológico y la producción que sustenta el funcionamiento jurídico-administrativo del conglomerado productivo