Las oportunidades para la vinculación y transferencia de conocimientos y tecnologías al medio productivo se encuentran en gran medida garantizadas por la pertinencia de las actividades científicas y tecnológicas que realizan los institutos de investigación de la UNICEN. En general, estos institutos se dedican a desarrollar investigaciones científicas básicas y aplicadas, contribuyendo además a la formación de recursos humanos (grado y postgrado) y en especial al perfeccionamiento de investigadores y técnicos. Cabe destacar que actualmente la UNICEN cuenta con 27 Institutos de Investigación Científica y Tecnológica en los que se desempeñan más de 600 investigadores.

La Secretaría de Ciencia, Arte y Tecnología de la UNICEN se propone mantener, mejorar y ampliar las estructuras físicas y humanas para las actividades científico tecnológicas, visualizadas como factores claves para el desarrollo socio-económico y cultural de la región donde está inserta la Universidad. Para ello, se hace necesario reforzar enérgicamente una vinculación con el medio regional, nacional e internacional y en especial con los sectores productores de bienes y servicios.